Во-первых, на всем его протяжении идет чередование расширений и узкостей. Русло во многих местах делится на рукава и протоки, образуя острова. Перекаты преимущественно островные или рукавные, имеются и перевальные типа «россыпи».
Во-вторых, имеются крутые излучины, которые сильно ограничивают просматриваемость судового хода. На многих изгибах наблюдаются прижимные и свальные течения. Таких отрезков насчитывается порядка 13, в среднем, 1-2 участка со свальным или прижимным течением на 10 км пути.
На отрезке от Кочетовского гидроузла до станицы Раздорская расположено три колена с поворотом более 90 градусов: Молчановское (140 градусов), Усть-Сальское (160 градусов) и Поречное (110 градусов). Да еще и сильный ветер вызывает сгон воды, который ощущается до станицы Мелиховской. Величина снижения уровня воды в реке при сгонах может составлять до 0,1-0,2 м у станицы Раздорская и до 2 м в районе Аксая.
Маловодный 2020 год к уже существующим проблемным участкам добавил еще один. Это отрезок от Константиновского гидроузла до Кочетовского, захватывающий реку Северский Донец от устья до Усть-Донецкого порта. Здесь пониженные уровни воды, в силу низких попусков из Цимляского водохранилища и особенностей технических характеристик Кочетовского гидроузла, отмечались весь период навигации.
При этом средняя глубина на лимитирующих перекатах ниже Кочетовского гидроузла в навигацию составляла 310 – 330 см, при гарантированной глубине в 340 см. В связи с этим, в апреле прошлого года были введены ограничения по осадке судов на нескольких участках реках Дон и Северский Донец, которые действовали до конца навигации.