Мечта, ни в коем случае не собираюсь навязывать свой возможный план длительного проведения времени в Москве, однако в сентябре, да при непредсказуемой погоде, возможны, помимо зоопарка, например, такие варианты.
1. Царская резиденция "Царицыно" (метро Царицыно) - отлично отреставрированный комплекс дворцовых построек, где проходят всевозможные сменные выставки (на случай дождя и холода). В садово-парковой зоне усадьбы - выставки цветов и др. растений.
2. Царская резиденция - усадьба "Коломенское" (м. Коломенская) - комплекс интересных дворцовых построек+церкви, из которых шатровый храм Вознесения Христова внесен в список всемирного наследия ЮНЕСКО. Рядом ежегодно бывают крупные ярмарки мёда и продуктов пчеловодства. Великолепный парк, + пасека, + яблоневый сад (с фруктами)

.
Недалеко (метро Технопарк) - отечественный Диснейленд "Остров мечты" с аттракционами и кафе-ресторанами, рядом с Южным речным вокзалом (в шаговой доступности), откуда можно поплыть по Москве-реке на прогулочном кораблике.
3. Восстановленная царская усадьба царя Алексея Михайловича (метро Партизанская), где в бывшем (стилизованном) дворце проходят сменные выставки. В шаговой доступности, в Городе мастеров, за гостиничным комплексом, кипит торг всевозможными народными промыслами + картинами московских художников-профессионалов.
4 . ВДНХ (метро ВДНХ) - помимо перенесенного туда музея Рерихов, действуют многие интересные павильоны, например, "Робототехника", "Беларусь" (с хорошими товарами), "Карелия" и др. Проходит крупный ежегодный ландшафтный фестиваль "Сады и люди". В 57 павильоне - крупные ежегодные сменные выставки. Океанариум с представлениями по сеансам. А в лесной зоне среди сосен действует уникальный канатный парк. Понаблюдать за смельчаками, лазающими на большой высоте по канатным лесенкам, переходам, веревкам - дух захватывает, а может, и сами захотите попробовать (там инструкторы обучают).
С территории ВДНХ (за канатным парком) легко перейти на территорию Главного ботанического сада им. Цицина. Там великолепный розарий, японский сад, оранжерея с коллекцией уникальных "заморских" редкостей и т.п.
5. Только что открывшаяся после длительной реставрации живописная усадьба "Люблино-Дурасово" (м. Марьино, МЦД "Люблино-дачное) - памятник федерального значения с живописным парком и Люблинскими прудами. В усадьбе проходят многочисленные сменные выставки (отличные!) и др. мероприятия.
6. Отличный музей картин Ильи Глазунова (м. Кропоткинская) в великолепной бывшей усадьбе 18-19 вв. Рядом, тоже в усадьбе - еще один "глазуновский" музей народных традиций и ремесел (Илья Сергеевич всю жизнь собирал разные прялки, изразцы, домашнюю утварь и пр. предметы быта и обихода).
Напротив, через дорогу, художественный Пушкинский музей, Музей частных коллекций - целый музейный кластер.
Еще можно побывать в парке Сокольники (м. Сокольники), в их двух великолепных розариях и выставочном городке с необычными "живыми" экспозициями бабочек, жуков и пр. Покататься на велосипеде, в т.ч. многоколесном, роликах.
Это только мизерная часть, куда можно направить свои стопы за 3 дня...
