Старожилы рассказывают, что в начале века скановские пещеры имели очень привлекательный вид. Основной вход был выложен красивым орнаментом. Сводчатые потолки и стены пещер были побелены, в маленьких нишах перед каждой кельей в проходах стояли зажженные свечи. "Когда я была еще совсем молодая, - рассказывает одна из жительниц села Сканово, - работала я на монастырском огороде. Однажды к вечеру повел нас монах показывать пещеры. Вошли - кругом чистота, побелено, свечи горят. Кельи показали. Далеко вниз ушли. Внизу прямо в пещере родник был. Вода чистая-чистая. Около родника скамеечки. Мы подходили к какой-то двери. Монах туда не пустил. Сказал: "Нельзя. Там святые мощи хранятся".
В годы разорения пещерный храм был полностью разрушен.
Кирпич разбирали местные рабочие для ремонта своих печей, а также для совхозного коровника.
В августе 1980 года пещеры исследовала московская спелеологическая экспедиция, которая установила, что пещерный комплекс имеет искусственное происхождение, что подтверждается тщательным осмотром всех доступных полостей.
…"Над ископанием их первый трудился послушник обители Иоанн, за ним и другие, но более всех монах Арсений, который почти всегда и жил здесь".
На протяжении столетий подземные сооружения расширялись и перестаивались, появились новые галереи и кельи. В настоящее время лабиринт пещер представлен ходами и кельями, расположенными в трех ярусах, соединяющимися между собой. В различных ярусах зафиксирована устойчивая температура: 1-ый ярус - 11-12 градусов, 2-ой - 8-9 град., 3-ий -6-7 град. Эта температура сохраняется неизменной и зимой, и летом. Внутренний микроклимат пещер неповторим. В подземелье воздух целительный, свежий и чистый.
В ходе экспедиционных работ была определена протяженность подземных полостей - 670 метров (нынешняя протяженность в результате многих завалов составляет 590 метров). Скановские пещеры превосходят подземные сооружения знаменитой Киево-Печерской Лавры (507 метров). Ученые-спелеологи с уверенностью утверждают, что пещерный комплекс Троице-Сканова монастыря аналогичен пещерам Киево-Печерской Лавры и Псково-Печерского монастыря, а также пещерному комплексу Вардзиа на юго-западе Грузии.
... Внутри пещер вековая тишина. Необъяснимая свежесть воздуха отгоняет мысль, что находишься в подземелье, нет чувства страха. Наоборот, на душе мир и спокойствие. И невольно склоняется голова в благоговейном молчании перед памятью подвизающихся здесь ранее монахов - старцев высокой духовной жизни и монашеского подвига, тружеников, молитвенников за православную веру, за святую Русь…