Николаус Зойрингер (Nikolaus Seyringer), в прошлом ректор Венского университета, а с 1418 года аббат мелькского монастыря, был направлен в монастырь Мелька следить за ходом реформы. Зойрингер привёл монашескую дисциплину в монастыре в порядок, а мелькская монастырская реформа послужила началом более широкого реформирования церковной сферы. Монахи из других монастырей прибывали в Мельк, чтобы изучить опыт реформирования монастырской жизни. Монахи Мелька приглашались в другие монастыри в качестве аббатов для проведения в них изменений наподобие тех, что произошли в Мельке. Таким образом Мельк стал центром реформ сначала Австрии, а потом и всего южного немецкоговорящего пространства.[/I]
Но в начале XVI века войны с Турцией принесли с собой новые расходы, которые подорвали экономические основы монастыря. Одновременно с этим жители близлежащих земель, а также владельцы соседних крепостей поддержали Реформацию. Численность служителей монастыря резко сокращалась. В 1566 году в монастыре служило меньше десяти человек. Монастырь находился на грани закрытия. В 1564 году в Мельк прибыл новый аббат Урбан Пентаз, с которого и началось возрождение монастыря. Дело аббата было продолжено его последователями.
До 1738 года монастырь перестраивался. Но случился новый пожар, который значительно повредил строения. К началу XX века в монастыре были сооружены современные системы канализации, водоснабжения, а также проведено электричество. Также была проведена реставрация зданий. Несмотря на начавшуюся Первую мировую войну все работы были успешно завершены.
В 1989 году был отпразднован 900-летний юбилей с открывшейся в монастыре выставкой, которая была открыта для посетителей до 1990 года. За эти два года монастырь посетило порядка 1,1 миллиона человек. Впоследствии была построена необходимая для туристов инфраструктура: парковки для машин и велосипедов, ресторан. Также проводятся экскурсии по монастырскому комплексу и саду.