Позднее к идее создания судоходного канала вернулся другой Российский Император Александр I. Но воплотить проект не успел — Император умер. Однако, проект не был забыт. Следующий Император, Николай I, продолжил решение важной для всей страны задачи. В 1824 году царь поручает разработку нового проекта канала генерал-майору Михаилу Николаевичу Бугайскому. В 1825 году строительство началось. Трасса канала прошла по рекам Сестра, Дубна, Истра, Москва, было вырыто 89,2 км деривационных и соединительных каналов, построен 41 шлюз. Общая протяженность искусственного пути составила 292 км. Строительство закончили через 19 лет, в 1844 году. На строительстве работали в основном солдаты ряда полков русской армии.
Однако, эксплуатировался канал меньше, чем его строили — всего 16 лет. Канал и шлюзы (4 м ширины и 1,5 м глубины) были рассчитаны на мелкие лодки, перевозка грузов обходилась дорого. Операция шлюзования через все шлюзы была настолько громоздкой, что ею просто никто не пользовался. В 1860 году по нему прошло последнее судно. Почему же перестали использовать такое важное сооружение? Потому что в 1851 году по железной дороге Санкт-Петербург — Москва прошел первый паровоз. Стоимость перевозки грузов уменьшилась, а скорость увеличилась. Доставке товаров в срок и в любое время года не грозили ни морозы, ни засухи, ни половодья, ни прочие погодные неприятности. Сложность ремонтных работ ветшавшего водного сооружения также не сыграла положительной роли в судьбе канала. На память о нем осталось Сенежское озеро около Солнечногорска да полуобвалившиеся русла фрагментов каналов. Теперь не найти и следов сооружений старого канала. Тем более что часть из них оказалась на дне созданного в 1934 году Истринского водохранилища.